Jenkins est le produit d'un développeur visionnaire, Kohsuke Kawaguchi, qui a commencé ce projet comme un loisir sous le nom d'Hudson à la fin de l'année 2004 alors qu'il travaillait chez Sun. Comme Hudson évoluait au cours des années, il était de plus en plus utilisé par les équipes de Sun pour leurs propres projets. Début 2008, Sun reconnaissait la qualité et la valeur de cet outil et demandait à Kohsuke de travailler à plein temps sur Hudson, commençant ainsi à fournir des services professionnels et du support sur Hudson. En 2010, Hudson était dévenu la principale solution d'Intégration Continue avec une part de marché d'environ 70%.
En 2009, Oracle racheta Sun. Vers la fin 2010, des tensions apparurent entre la communauté de développeurs d'Hudson et d'Oracle, dont la source était les problèmes de l'infrastructure Java.net, aggravées par la politique d'Oracle au sujet de la marque Hudson. Ces tensions révélaient de profonds désaccords sur la gestion du projet par Oracle. En effet, Oracle voulait orienter le projet vers un processus de développement plus controlé, avec des livraisons moins fréquentes, alors que le coeur des développeurs d'Hudson, mené par Kohsuke, preferait continuer à fonctionner selon le modèle communautaire ouvert, flexible et rapide qui avait si bien fonctionné pour Hudson par le passé.
En Janvier 2011, la communauté des développeurs Hudson vota pour renommer le projet en Jenkins. Par la suite ils migrèrent le code originel d'Hudson vers un nouveau projet Github et y poursuivirent leur travail. La grande majorité des développeurs du coeur et des plugins leva le camp et suivit Kohsuke Kawaguchi et les autres principaux contributeurs dans le camp de Jenkins, où le gros de l'activité de développement peut être observée aujourd'hui.
Après ce fork, la majorité des utilisateurs suivit la communauté des développeurs Jenkins et passa à Jenkins. Au moment où ces lignes sont écrites, les sondages montrent qu'environ 75% des utilisateurs d'Hudson sont passés à Jenkins, 13 % utilisent encore Hudson et 12% utilisent Jenkins et Hudson ou sont en cours de migration vers Jenkins.
Cependant, Oracle et Sonatype (la compagnie derière Maven et Nexus) ont poursuivi leur travail à partir du code d'Hudson (qui est maintenant lui aussi hébergé chez GitHub à https://github.com/hudson), mais selon un axe différent. En effet, les développeurs de Sonatype se sont concentrés sur des modifications dans l'architecture, notamment sur l'intégration avec Maven, sur le framework d'injection de dépendances, et sur l'architecture des plugins.